وقعت الجامعة عددا من الاتفاقيات التعاونية العلمية مع عدد من مؤسسات التعليم العالي في السوادان وتركيا وهي كالتالي:
- مذكر تعاون بين الجامعة وجامعة إفريقيا العالمية، السودان – الخرطوم
- إتفاق تعاون علمي بين الجامعة وجامعة القرآن الكريم والعلوم الإسلامية، السودان – الخرطوم
- مذكرة تفاهم بين الجامعة وجامعة الأحفاد للبنات، السودان – الخرطوم
- مذكرة تفاهم بين الجامعة وجامعة أم درمان الإسلامية، السودان – الخرطوم
- إتفاق تعاون علمي بين الجامعة وكلية دار السلام للبحوث الإسلامية، تركيا
بالإضافة إلى ذالك هناك تعاون بين الجامعة والهيئة العالمية للكتاب والسنة (الهيئة العالمية لتحفيظ القرآن الكريم سابقا) –المملكة العربية السعودية